秘书局：负责机关文电、会议、机要、档案、信息化、安全保密、信访、财务等机关行政事务和日常运转工作。

一  局：承担落实中央港澳政策有关工作。

二  局：承担政治领域内地与特别行政区官方交往、因公往来、交流合作工作。

三  局：承担经济领域内地与特别行政区官方交往、因公往来、交流合作工作。

四  局：承担文化、教育、青年等领域内地与特别行政区官方交往、因公往来、交流合作工作。

五  局：承担医疗卫生、民族、宗教、劳工、社会服务等领域内地与特别行政区官方交往、因公往来、交流合作工作。

六  局：承担协调特别行政区开展维护国家安全有关工作。

七  局：承担协调涉港澳宣传工作，承担港澳新闻机构驻内地记者站和记者管理工作，承办新闻发布工作。

八  局：承担涉港澳有关法律法规草案起草和司法领域内地与特别行政区官方交往、因公往来、交流合作工作。

机关党委（干部局）：负责机关及直属单位党的建设和纪检、干部人事、外事工作，领导机关群团组织的工作，承担内地人员因公赴港澳政策拟订、人员审核和港澳通行证签发管理工作。